基因组组装
每日小结
2021-03-31
完成
看了点纠错知识
服务器跑商三代数据 align,sort,merge
明日计划
三代数据比对结果(3970000-39870000)
二代比对结果到(3970000-39870000)上深度信息有点奇怪等二代数据比对到chr13结果出来后再看看,
看看三代自纠错和二代数据纠三代
2021-04-02
三代数据比对到chr13中完成,结果也是比较怪,有部分长度的序列深度特别高,结果在2_chr13_pacbio_align.sort.bam中
二代的在服务器上出了点问题
放假前把二代数据比对到全基因组上,看看效果
之后应该看纠错的知识了
2021-04-05
将实验室电脑装成ubuntu系统,并配置相应的实验环境。
看了看比对到全基因组上的结果,发现2.JY中是两个拷贝,不是给的4个拷贝,对于不同的拷贝,其只是有偶尔一个碱基不同
2021-04-06
得到三代数据的比对结果后,发现拷贝位置的深度确实是其他位置的四倍,重新查看二代数据的比对信息时,发现比对的二代数据是选择错误的H25,重新比对二代数据
2021-04- ...
LCS
在线算法:指这个算法可以实时根据输入计算出输出,可以一个个的进行输入输出,并不需要所有的输入数据,
离线算法:在算法开始前,需要获得所有的输入数据
问题描述:给定一个二叉树,找到该书中两个指定节点的最近公共祖先
最近公共祖先:对于树T的两个节点p、q,最近公共祖先表示为一个节点x,满足x时p、q的祖先且x的深度尽可能大
朴素算法
因为两个点都在树上,这两个点最后一定会相遇,首先找深度较大的那个点,然后让他往上跳,直到两个点的深度相同,然后再让这两个点同时向上跳,直到相遇,相遇点就是要求的LCA点
可以通过回溯遍历实现,最坏的时间复杂度是O(n)
Tarjan算法
算法流程
Procedure dfs(u);
begin
设置u号节点的祖先为u
若u的左子树不为空,dfs(u - 左子树);
若u的右子树不为空,dfs(u - 右子树);
访问每一条与u相关的询问u、v
-若v已经被访问过,则输出v当前的祖先t(t即u,v的LCA)
标记u为已经访问,将所有u的孩子包括u本身的祖先改为u的父亲
end
hexo-steam
hexo-steam-games
介绍
项目代码见GITHUB
为Hexo添加Steam游戏库页面 Demo.
安装
1$ npm install hexo-steam --save
配置
将下面的配置写入站点的配置文件 _config.yml 里(不是主题的配置文件).
12345678910111213steam: enable: true path : steamId: "xxxxx" length: 1000 auto_generate: false front_matter: title: Steam游戏库 top_img: aside: false except: - 205790
enable: 是否启用
path: 页面路径,默认为 /steam/index.html
steamId: steam 64位Id(需要放在引号里面,不然会有BUG), 需要将steam库设置为公开!
length: 要显示游戏的数量,游戏太多的话可以限制一下
auto_generat ...
leetcode-每日一题
204. 计数质数
暴力
筛选法,对所有数进行标记,对于一个质数,他所有的倍数都不是质数。
12345678910111213141516171819class Solution {public: int countPrimes(int n) { if(n<3) return 0; vector<int> res(1,2); for(int i=3;i<n;i++) { int j; for(j=0;j<res.size()&&res[j]*res[j]<=i;j++) { if(i%res[j]==0) break; } if(j==res.size()||res[j]*res[j]>i) res.push ...
python配置文件
1234567[top]categories=111purity=111sorting=toplistorder=desc[hot]sorting=hot
引入库
1import configparser
初始化并读取文件
12config = ConfigParser()config.read('config.ini')
获取所有sections,选择一个section
1234sections = config.sections()#结果 ['top', 'hot']sec = sections[0]
获取一个section中的所有键(key)
12config.options(sec)#结果 ['categories', 'purity', 'sorting', 'order']
获取一个section中的所有键值对(key:value)
12config.items(sec)#结果 [('categories' ...
Optimization
Introduction
最优化:在满足一系列约束条件下,获得目标函数或指标获得一个最大值(最小值)
Linear programs(线性规划)
线性函数 (linear function) f(x)=aTxf(x) = a^T xf(x)=aTx
仿射函数 (affine function f(x)=aTx+βf(x) = a^T x + βf(x)=aTx+β
所有线性函数都是仿射函数(ifβ==0)(if β==0)(ifβ==0),反之则不然,
Integer programs (整数规划)
整数规划指的是,在一个线性规划中,添加了其变量的非空子集必须取整数的限制条件。
当所有的变量都要求是整数时,叫做纯整数规划(pure integer program)。否则就叫混合整数规划(mixed integer program)。
Solving linear program
对于一个线性规划问题,如果目标函数是求最大值的线性规划,结果只会有一个最大值,但可能会有多个不同的解,但结果都是相同的最大值,最小值同理。
Possible outcomes
对于 ...
leetcode-每日一题
349. 两个数组的交集
首先记录下nums1中出现过的数字,如果nums2中也出现就将其加入到集合中。
12345678910111213141516171819class Solution {public: vector<int> intersection(vector<int>& nums1, vector<int>& nums2) { unordered_map<int,int> map; unordered_set<int> set; for(auto var :nums1) { map[var] = 1; } for(auto var :nums2) { if(map.find(var)!=map.end()) { set.insert( ...
pytorch中的LSTM模型
背景知识
LSTM原理介绍
pytorch doc
简单实例
123456lstm = nn.LSTM(1, 2, 2) # (input_size(feature_num) ,hidden_size,num_layers ) input = torch.randn(4, 1, 1) # (seq_len, batch, input_size(feature_num))h0 = torch.randn(2, 1, 2) # (num_layers * num_directions, batch, hidden_size)c0 = torch.randn(2, 1, 2) # (num_layers * num_directions, batch, hidden_size)output, (hn, cn) = lstm(input, (h0, c0)) # output:(seq_len, batch, num_directions * h ...
free-handstand tips
改变手的放置位置,不要将整个手全紧贴地面,可以将手指弯曲,形成一个抓地的感觉
将手掌贴地,只有在需要必须使用手指时是用手指,平常调整身体的平衡时,可以只使用手掌进行调节,当我们身体将要放过去时,这样就可以有额外的力量将身体拉回来
增大平衡范围,加强自己的核心力量,往后倒时,将臀部前移,腿下移或后移
练习其他类型的手平衡
使用不同的底板实现平衡,不只限于地面,其他的比如草地,沙滩,双杠
倒立时眼睛看下方地面,有利于感受身体,保持平衡
准备倒立时,手臂保持垂直于地面,减少上肢运动幅度,臀部抬高,上肢先起,倒立起尽量减少动作幅度,下落时先收腿容易控制下落,减少幅度
靠墙倒立时,可以尝试不用脚蹬,使用手掌的力量使脚离开墙
折刀俯卧撑