DAGCON

git clone https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon.git
cd pbdagcon
修改 makefile中25行， cd blasr_libcpp; NOHDF=1 NOPBBAM=1 python2.7 configure.py
查看自己python默认版本，如果是3.x 要使用python2.X 运行 config.py
但直接运行会报错
zip2: (stdin) is not a bzip2 file.
tar: Child returned status 2
tar: Error is not recoverable: exiting now
原因是原来文件的连接已经失效，需要我们手动去下载
cd src/cpp/third-party
下载boost库 wget -O boost_1_58_0.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.58.0/boost_1_58_0.tar.bz2/download
解压boost库 sudo tar vxjf boost_1_58_0-headersonly.bz2
修改文件名为 boost_1_58_0-headersonly
回到pbdagcon文件夹继续运行 python2.7 configure.py --boost --gtest --sub --no-pbbam
make init-submodule
如果报错 algorithms/alignment/…/…/…/pbdata/matrix/FlatMatrix.hpp:11:71: error: ‘std::ostream’ has not been declared
找到 blasr_libcpp/pbdata/matrix/FlatMatrix.hpp 在第5行下面添加 #include
重新 make init-submodule
make
如果错误中有 error: ‘DAZZ_DB’ does not name a type
在 DAZZ_DB/DB.h 254行中的HIT_DB后面加上 ,DAZZ_DB
make check
cd src/cpp
./pbdagcon --help